你的问题不是特别明确，我的理解是，一、你是不需要将你的工作目录设置为一个固定文件夹。二、你是要将boot设为光盘中的一个目录还是要将你E:\boot目录下的文件都放在光盘根目录。
对于设置固定工作文件夹，可通过edit－－－>preferences...－－－－>随后弹出的对话框中修改folder选项中的project为你的工作目录即可。（注：如果你使用的是汉化版，可能此项不起作用，最好用英文版）。
对于第二个问题，在你创建了项目以后就可以在你的项目文件夹中发现有CD_ROOT这个文件夹，把你需要的文件拷贝至此文件夹中即可，即你可以吧boot目录直接拷贝至此。（注不要直接在E:\boot\下创建工程，否则你的软件就被清空了）
AutoPlay Media Studio 4.0我没用过所以不好说。
在6.0中如果要取消media的图标可使用下述方法，在你放置media的页面编辑preload或onshow 事件，加入以下内容
Video.SetVisible("Video1", false);（注 本例中video1为你设置的对象的名称）。
同时设置你的media的属性中的play下的autostart为不自动开始。
